En el universo de Star Wars, la Orden 66 es un comando de alto secreto que fue emitido por el Emperador Palpatine a los soldados clon del Gran Ejército de la República. La orden requería la ejecución de todos los Caballeros Jedi, con efecto inmediato.
Los orígenes de la Orden 66 son un poco turbios. Algunos dicen que Palpatine había estado planeando emitir la orden durante años para consolidar su poder y eliminar cualquier amenaza potencial. Otros creen que la orden fue en realidad el resultado de una visión de la Fuerza que tuvo Palpatine, que lo convenció de que los Jedi eran una amenaza para su gobierno.
No importa el caso, la orden se llevó a cabo de manera rápida y despiadada. Muchos Jedi fueron asesinados mientras dormían, mientras que otros fueron asesinados a tiros a la vista de sus compañeros clones. Al final, la Orden Jedi fue casi destruida y la República fue reemplazada por el Imperio Galáctico.
Cabe destacar que los clones no pudieron rechazar la orden ya que tenían sendos chips implantados en su cabeza que les impidió por completo el desobedecer a dicho mandato.
La Orden 66 también fue conocida como el Protocolo Clon 66 por el papel protagónico que estos jugaron en la ejecución de la misma.